L’examen histologique détecte l’infection et évalue les lésions de la muqueuse ; cinq biopsies sont recommandées : une de l’angle de la petite courbure, deux du corps gastrique (petite et grande courbure), deux de l’antre (petite et grande courbure).
L’immuno histochimie facilite la détection de la bactérie mais n’est pas recommandée en routine.
En cas de traitement antisécrétoire ou antibiotique, la recherche de la bactérie par histologie est moins sensible.
La présence d’une gastrite chronique active (présence de polynucléaires neutrophiles dans la muqueuse) est un signe indirect de l’infection. Celle-ci sera confirmée par une sérologie ou un test respiratoire à l’urée 13C à distance des traitements.